第３部（ここでは、セルジュの元いた世界をホーム、キッド達の世界をアナザーと呼ぶ。今どちらの世界にいるかは､
マップに流れているBGMでわかる。深みのあるバイオリンがアナザー、シャカシャカ鳴っている方がホーム）
| ホーム・死海跡 | 運命の揺らぎを通過 |
| アナザー・神の庭 | ３つの島の発光体を調べる→クロノポリスに入る→ベリルとバトル→下水処理場へ→2つの橋の可動スイッチを押す →下水処理場のはしごを昇る→非常階段で2Ｆへ→2Ｆ左の部屋のコンピューターでロックを解除 →エレベーターで4Ｆへ→右側の部屋の残留思念を聞く→エレベーターで1Ｆへ→ドックの残留思念を聞く →エレベーターで4Ｆへ→左側の部屋でカードキー入手→エレベーターでＢ1へ→フェイトとバトル |
| ホーム・海月海 | 星のかけらを手に入れる |
| 天竜の島 | 広場の中央の宝箱を調べる、巨星の子とバトル→謎の生物を捕まえる |
| アナザー・海月海 | 宇宙船の中を探る→ジェリーキングとバトル（ジェリーキングは赤のエレメントしか通用しない）→クロノポリスのドックへ |
| 星の搭 | ドルクレイとバトル→石柱を倒して橋にする→根の上を進む→石柱を倒して橋にする→ドルマグマとバトル →図書館で時の預言者と会話→ドルウィンドとバトル→転送装置で上の階へ→左の転送装置からドルへヴィの所へ、バトル →右から行ってドルアイスとバトル→時を喰らうものとバトル→預言者と会話 |
| ホーム・オパーサの浜 | 時を喰らうものを倒す ただし、力ずくで倒すとバッドエンディングに。 |