第3部(ここでは、セルジュの元いた世界をホーム、キッド達の世界をアナザーと呼ぶ。今どちらの世界にいるかは、
マップに流れているBGMでわかる。深みのあるバイオリンがアナザー、シャカシャカ鳴っている方がホーム)

ホーム・死海跡 運命の揺らぎを通過
アナザー・神の庭 3つの島の発光体を調べる→クロノポリスに入る→ベリルとバトル→下水処理場へ→2つの橋の可動スイッチを押す
→下水処理場のはしごを昇る→非常階段で2Fへ→2F左の部屋のコンピューターでロックを解除
→エレベーターで4Fへ→右側の部屋の残留思念を聞く→エレベーターで1Fへ→ドックの残留思念を聞く
→エレベーターで4Fへ→左側の部屋でカードキー入手→エレベーターでB1へ→フェイトとバトル
ホーム・海月海 星のかけらを手に入れる
天竜の島 広場の中央の宝箱を調べる、巨星の子とバトル→謎の生物を捕まえる
アナザー・海月海 宇宙船の中を探る→ジェリーキングとバトル(ジェリーキングは赤のエレメントしか通用しない)→クロノポリスのドックへ
星の搭 ドルクレイとバトル→石柱を倒して橋にする→根の上を進む→石柱を倒して橋にする→ドルマグマとバトル
→図書館で時の預言者と会話→ドルウィンドとバトル→転送装置で上の階へ→左の転送装置からドルへヴィの所へ、バトル
→右から行ってドルアイスとバトル→時を喰らうものとバトル→預言者と会話
ホーム・オパーサの浜 時を喰らうものを倒す

ただし、力ずくで倒すとバッドエンディングに。
グッドエンディングを見るためには、
1、攻撃してパワーLvを上げる、その後防御してスタミナをを回復
2、敵がエレメントを使ってきたらすぐに、黄→赤→緑→青→黒→白と連続でエレメントを使い、
最後にクロノクロスを使うと、そのままグッドエンディング
クロノクロス入手法はサブイベント参照