第２部（ここでは、セルジュの元いた世界をホーム、キッド達の世界をアナザーと呼ぶ。今どちらの世界にいるかは､
マップに流れているBGMでわかる。深みのあるバイオリンがアナザー、シャカシャカ鳴っている方がホーム）
| カオスフィールド | 目を覚ます→木の実を落とし、すぐスプリガンの家へ→スプリガンと会話→搭へ→幻が入っていく扉へ入っていく →ダンジョンを抜ける→ホーム・ヒドラの沼にたどり着く |
| オパーサの浜 | 転移に失敗→セルジュの家で母と会話→ラディウスとバトル→溺れ谷を通過 |
| テルミナ | 港への道をふさぐパレポリ兵と会話 |
| 蛇骨館 | 地下水脈から下水道へ→拷問部屋でイシトと会話 |
| テルミナ | ボート入手 |
| マブーレ | トマ１４世と会話 |
| ゼルベス | 船倉で老人とすれちがう→船長室でファルガとイレーネスの会話を聞く→スネフのショーを見る →ファルガと会話→カジノで勝負→宿屋で主人の不審な行動を見る→スネフのショーを見て猫に →宿屋の隠し部屋でハンドル入手→控え室でスネフに戻してもらう→ファルガと会話→カジノで勝負 →グランドスラムへ→掃除のおじさんとバトル→スラッシュの楽屋へ行く（抜かすことができるが､重要なイベント） これを抜かすと､各キャラのの最強装備入手などが出来なくなる |
| 死の門 | グランドリオンに近づく |
| 隠者の小屋 | ラディウスの話を聞く→さらに話しかけ､ガライ思い出の品入手 |
| 亡者の島 | カガリを倒して奥へ進む→鏡状の壁をすり抜けていく→ガライとバトル |
| 死の門 | グランドリオンを解除→奥へ |
| 死海 | ハイウェイを抜ける→ケヴィンとバトル→都市郡廃墟を抜ける→滅びの搭へ→揺らぎに入って夕日に照らされた空間へ →ミゲルとバトル（ミゲルはこのゲームで1,2を争う強さ。そのうえ、情景や音楽が泣かせる）→イベントがおき､脱出 |
| ホーム・オパーサの浜 | アナザー・オパーサの浜へ→溺れ谷を抜ける |
| アナザー・テルミナ | 酒場の隠し部屋へ→カーシュかゾアを仲間に→入口でイシトと会話 |
| 蛇骨館 | 1F客室でイシトと会話→下水口から下水道へ降りる→二つの樽を流す→バルブを閉める→別のバルブを調節して壁を操作 →地下牢の下でラウムとバトル→ファルガを助ける→リデル救出、地獄の料理長とバトル→リデル達を逃がす →2F広間で敵をひきつける（連続バトル）図書室まで退却→窓を突き破って脱出→龍小屋の老人に助けてもらい脱出 |
| 隠者の小屋 | リデルに話し掛ける→ベッドで休む→隠者の小屋から脱出 |
| 天下無敵号 | みんなと会話 |
| 神の門 | ツクヨミと会話 |
| ここから龍の祈り集めのため､５つのイベントを順不同でクリアする | |
水龍の祈り入手
| ホーム・水龍の島 | 水龍のとこへ→水龍とバトル |
黒龍の祈り入手（スラッシュの楽屋を訪れていた場合）
| ホーム・ゼルベス | ファルガがパーティーにいる状態でファルガと会話→イベント発生（バックミュージック MAGICALDREAMERS風と波と星と） |
| マブーレ | 夢鬼を全滅させる |
| アナザー・マブーレ | 黒龍とバトル |
スラッシュの楽屋を訪れていなかった場合
| アナザー・マブーレ | 黒龍を調べる |
炎龍の祈り入手
| アナザー・死炎山 | 炎龍とバトル |
土龍の祈り入手
| ホーム・土竜の島 | 流砂に飲み込まれる→噴砂口から戻り､ワールドマップへ→地下の隊員に爆薬をもらう →襲ってこないアンダロブを爆薬で飛ばす→アンダロブを倒して下へ落とす→アンダロブを倒して穴をふさぐ →新しく砂が出るようになった穴から高台へ移動→土龍とバトル |
緑龍の祈り入手
| ホーム・ヒドラの沼 | ピパピパとバトル→ロザリーを呼ぶ→再戦→ロザリーを呼ぶ |
| 世界のへそ | リーアと会話→その辺の敵をどんどん倒す→ティラノ出現、バトル→緑龍とバトル |
すべてクリアしたら
| アナザー・天竜の島 | 天竜とバトル |
| ガルドーブ | オルハとバトル→龍の社でディレアに龍の涙の破片を見せる |
| ホーム・ガルドーブ | 龍の社でスティーナと会話 |
| 古龍の砦 | 台座に龍の涙を置く→ダークセルジュとバトル→進んでいって儀式の間へ→台座に龍の涙を置く →操作キャラがセルジュに戻る（このとき､自動的に一旦別れたキッド以外の仲間が仲間に戻る） |